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En el marco del proyecto europeo “Desarrollo de una Red Europea-Americana de Secuenciación de Nueva Generación – DEANN”.
Dos científicos del Instituto Antártico Chileno (INACH) realizaron una pasantía de investigación en la Universidad de Ciencias Agrícolas de Suecia (SLU) para especializarse en secuenciación de nueva generación (NGS). El Dr. César Cárdenas y el Mag. Alejandro Font estuvieron durante uno y dos meses, respectivamente, en el país nórdico gracias a la colaboración establecida hace dos años con la SLU por medio del Dr. Erik Bongcam-Rudloffy su laboratorio, lo que ha permitido realizar el análisis del transcriptoma (parte del genoma de un ser vivo que se expresa en una célula) del erizo antártico (Sterechinus neumayeri) y del isópodo gigante Glyptonotus antarcticus, como también tener acceso a los diferentes equipos de secuenciación que disponen en los laboratorios de SLU.
Para Cárdenas, “fue una muy valiosa experiencia el poder interactuar con los investigadores que trabajan en bioinformática en Uppsala, Suecia, y poder afianzar los lazos que hemos establecido para seguir trabajando juntos tanto en investigación como en la organización del curso internacional en bioinformática que será dictado el próximo año en Punta Arenas con relatores suecos”.
El doctor en biología del INACH además fue invitado a presentar un seminario en la universidad, el que se tituló “Assessing the utility of Antarctic sponges for studying global climate change: individual to community level responses” (Evaluando la utilidad de las esponjas antárticas en el estudio del cambio climático global: respuestas desde el nivel individual al de comunidades).
Por su parte, el biotecnólogo Alejandro Font explicó que “poder aprender y trabajar con uno de los grupos bioinformáticos más prestigiosos del mundo es una excelente oportunidad. Durante mi estadía, he tenido la posibilidad de secuenciar el transcriptoma del erizo antártico (individuos en condiciones normales y sometidos a estrés térmico)”.
Font ha podido aprender a utilizar diferentes herramientas informáticas para el correcto manejo de datos genómicos, los cuales en el futuro cercano permitirán comprender los diversos mecanismos de adaptación que pudieran poseer estos organismos antárticos, los cuales hasta el día de hoy son vagamente comprendidos.
El proyecto “Developing an European–American NGS Network – DEANN” (Desarrollo de una Red Europea-Americana de Secuenciación de Nueva Generación) es una red internacional formada por seis instituciones de cuatro países europeos (Reino Unido, Suecia, Italia y España) y cuatro países sudamericanos (Argentina, Brasil, Chile y México).
El objetivo principal de ésta red es fortalecer la asociación de investigación entre los participantes mediante el desarrollo y fortalecimiento del know-how científico compartido en el campo del análisis de NGS. Asimismo, nutrir la excelencia científica de los proyectos a desarrollar, aumentar la masa crítica y competencias de los grupos en investigaciones genómicas y mejorar la educación, innovación y entregar orientación internacional a los candidatos de doctorado y post-docs.
La NGS ha cambiado la forma de hacer investigación, no solo por revelar nuevas e impresionantes observaciones sobre la organización de diversos genomas, sino que también ha permitido que miles de laboratorios de investigación de todo el mundo tenga acceso a mirar dentro de los genomas, esto gracias a la disminución en los costos de secuenciación. Ahora secuenciar genomas completos de individuos o poblaciones se ha vuelto asequible, permitiendo acceder a secuencias genómicas en búsqueda de posibles variaciones asociadas a enfermedades, características de interés o marcadores moleculares.
La NGS toca diferentes campos de la biología: desde la biología molecular básica a la biomedicina, metagenómica, genética de poblaciones, reproducción de plantas y animales, ciencias ecológicas y ambientales, paleogenómica y estudios de la evolución. Esta tecnología trae nuevas posibilidades para el avance científico, pero también presenta importantes implicaciones en la visión actual de la biología, con ella tomando nuevos retos a nivel técnico y científicos
La información que se tiene hasta ahora de los diversos micro y macroorganismos que componen los ecosistemas antárticos es escasa. Por lo que poder trabajar con esta tecnología (NGS) va a permitir dilucidar grandes misterios asociados a diversos tópicos (variación genética, evolución, epigenética, adaptación al frío, entre otros).
Recientemente, en el marco del Comité Científico de Investigaciones Antárticas (SCAR, su sigla en inglés), se ha reconocido la importancia de los avances tanto en las tecnologías tradicionales (por ejemplo, bioquímica, fisiológicas) como en tecnologías nuevas “omics” (término usado para agrupar todo lo relacionado con genómica, proteómica, metabolómica, trasncriptómica, fenómica), las cuales junto a aproximaciones ecológicas nos permitirán entender la adaptación evolutiva y las respuestas de los organismos antárticos a las condiciones pasadas y más importante aún, nos permitirá entender y predecir las respuestas a nivel individual y comunitario, ante el escenario de cambio climático.
La próxima acción en el marco de este proyecto es una pasantía de un mes a fines de este año de dos investigadoras postdoctorales del equipo del doctor Bongcam-Rudloff en el laboratorio de Biorrecursos del INACH en Punta Arenas.
